Fundado em 1990, o Macaé Esporte Futebol Clube surgiu como um clube amador e começou a competir no mesmo ano de sua fundação.
Em 1998 aconteceu a profissionalização do clube, e em sua primeira temporada conquistou o Campeonato Estadual da Série C do Rio, de forma invicta e ganhando o reconhecimento dos torcedores.
